В процессе исследования стало ясным, что гены кофе различаются от тех генов, которые ответственные за образование кофеина в какао-бобах или чае, а, значит, все трое были извлечены не от одного предка-растения и рождены самостоятельно.
Также в исследовании была представлена геномная черновая последовательность кофейного дерева Coffea canephora (чаще известного нам как робуста), которое дает от 30 процентов всемирного урожая кофейных бобов. Популярен и аравийский кофе (Coffea arabica), обладающий из-за сниженного содержимое кофеина не таким кислым вкусом. Сравнение с геномами прочих растений (учитывая томат и виноград) показало, что в кофейном напитке имеются огромные семьи генов, относящиеся к выработке флавоноидов и алкалоидов. Именно эти вещества предают кофе характерный аромат (и бобам горький вкус). Кроме всего прочего, робуста может похвастаться большим количеством ферментов N-метилтрансфераз, которые принимают участие в образовании кофеина.
Ученые отметили, что «кофейные» ферменты робусты намного ближе к прочим генам кофе, чем к похожим ферментам у какао и чая. Другими словами, у кофейного дерева образовалась способность вырабатывать кофеин самостоятельно, и не была получена в наследство от общего предка этих двух (иначе ферменты какао, чая и кофе были бы похожи).
Касаемо важности наличия кофеина для растения Coffea canephora ученые выдвинули два предположения. В семенах и плодах это вещество удерживает рост растений-конкурентов, а в листьях кофеин отпугивает насекомых. В недавнем, но другом исследовании было подмечено, что у некоторых насекомых-опылителей вырабатывается кофеиновая зависимость, которая заставляет их возвращаться к дереву за добавкой снова и снова. Возможно, других существам, обладающим интеллектом, так же свойственна эта зависимость.